Nezastupitelnou součástí léčby je používání psychofarmatik, konkrétně antipsychotik. Na výběr je celá řada přípravků, jejichž cílem je potlačit halucinace a bludy. Jejich nasazování se případ od případu liší, záleží na komplexnosti všech příznaků schizofrenie a ne pokaždé se podaří napoprvé předepsat správný přípravek. Nasazení vhodné léčby dokáže zcela vymítit halucinace a bludy, nebo alespoň změnit jejich vnímání, že je pacient ignoruje. Využívány jsou tři druhy farmaceutik, bazální antipsychotika, incizivní antipsychotika a nejmodernější atypická antipsychotika.
V současné době se od užívání starších léčiv opouští, neboť krom velké řady vedlejších účinků se u více jak 30% pacientů neprojevoval žádný nebo značně omezený vliv léčby. Jejich užívání upravuje chemické procesy v mozku, což úpravou hladiny dopaminu ovlivňuje pozitivní příznaky schizofrenie. Avšak při dlouhodobější léčbě vyššími dávkami se až u 80% pacientů následkem snížených hodnot dopaminu projeví Parkinsonův syndrom. Při jeho projevení je nutné snížit dávky nebo léky úplně vysadit, v opačném případě by se mohl rozvinout trvalý parkinsonismus. Objevují se také potíže s kardiovaskulárním systémem, konkrétně nízkým tlakem a zrychlenou srdeční činností. Zvýšená je také tendence k zácpám, propuknutí záchvatu epilepsie či žloutenky. Velké množství vedlejších účinků se často podepisovalo na svévolném vysazení léků, což u nemocného vedlo k relapsu.
Atypické antipsychotika přinesla mnohem účinnější léčbu s o mnoho přijatelnějšími vedlejšími příznaky. Mezi hlavní pozitiva se dozajista řadí fakt, že krom pozitivních příznaků dokáží v omezené míře ovlivnit i ty negativní. Zlepšená účinnost nabídla příležitost i lidem, kteří na typické antipsychotika nereagovali, čímž se podařilo snížit množství případů, kdy bylo nutné přistoupit na elektrokonvulzivní terapii. Pod tímto označením se skrývá neblaze známí pojem elektrošoky. Vedlejší příznaky u atypické léčby může být ospalost či zvýšená chuť k jídlu, což hlavně u mladistvých pacientů vede k rozvoji nadváhy.
Důležitou součástí léčby je psychologická intervence, která se soustředí na odbourávání některých vlivů, které schizofrenie ovlivňuje. Na sezeních je pacient připravován na zvládání stresu, jenž je častým důsledkem relapsu. Důležitou roli hraje i rodina, jejíž spolupráce s nemocným může mít velký vliv na udržování jeho nasazení v adekvátní míře a dodržování základních společenských návyků.
Účinnost léčby závisí na druhu schizofrenie a jeho typu. Přibližně u třetiny pacientů se podaří docílit úplného uzdravení a přibližně po dvou až pěti letech již nemusí užívat žádné léky. U další třetiny pacientů schizofrenie útočí v atakách, po nichž se vrací do normálu a zase po nějaké nepravidelné době dojde k remisy. U těchto pacientů je nutná stálá udržovací léčba, aby nedošlo k trvalému rozpadu osobnosti. Poslední skupina pacientů většinou vůbec nebo velice špatně reaguje na léčbu a postupně dochází ke zhoršování a i přes veškerou snahu musí příznakům choroby čelit celý život.